EVENTO
Identificação e Análise de Sequências Codificantes com Atributos Conflitantes em Genomas Procariotos
Tipo de evento: Defesa de Dissertação de Mestrado
O advento de novas tecnologias de sequenciamento e o desenvolvimento de ferramentas computacionais que facilitam a análise dos genomas gerou o aumento exponencial dos bancos de dados genômicos. Novas abordagens in-silico da genômica comparativa usam esse tipo de dados nas suas comparações, tais como a busca de homólogos de predições gênicas que precisam ser verificadas para sua posterior anotação. Não obstante, trabalhos recentes desenvolvidos sobre o genoma de Escherichia coli indicam que o estado atual das sequências codificantes (CoDing Sequences CDS) de genomas anotados nos bancos de dados precisam também ser verificados Portanto a correta descrição de uma CDS é importante para permitir futuras comparações genômicas. Isso se evidencia nos esforços da comunidade científica de bancos de dados biológicos para estabelecer padrões para a submissão de sequências dos projetos de genoma na nova era de sequenciamento. Dentro desse contexto, destaca-se a identificação e/ou correção de frameshifts durante o processo de montagem de sequências genômicas. Este trabalho apresenta uma ferramenta com dois métodos comparativos para identificar CDSs com atributos conflitantes. Usa-se a descrição de conflito para descrever atributos como frameshifts, grandes inserções ou deleções, truncamentos, etc. que são detectados a partir de uma CDS ou varias CDSs usadas como referencia, dependendo do modelo. Finalmente, a ferramenta proposta permite visualizar os resultados graficamente e fornecer acesso a outras ferramentas, dando suporte para futuras análises genômicas de maneira amigável e rápida. Foi utilizada como modelo a análise de CDSs com atributos conflitantes do genoma de E. coli estirpe CFT073 (NCBI).
Data Início: 23/08/2010 Hora: 14:00 Data Fim: 23/08/2010 Hora: 16:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio A
Aluno: Guadalupe Del Rosário Quispe Saji - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Orientador: Marisa Fabiana Nicolas - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Mauricio Egidio Cantão - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: João Carlos Pereira da Silva - Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ Marcio Alves Ferreira - Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ Marisa Fabiana Nicolas - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Suplente Banca Examinadora: Ana Carolina Paulo Vicente - FIOCRUZ - FIOCRUZ Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Luiz Fernando Goda Zuleta - Swiss-Prot Brasil -
